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El municipio de San Rafael Cedros se ubica al Sur-Oriente del departamento de Cuscatlán limitado por los siguientes  municipios al Norte por el municipio  de Ilobasco (Dpto. de Cabañas); al Este por los municipios de San Sebastián y Santo Domingo (Ambos del departamento de San Vicente); al sur con los municipios de Santo Domingo (Depto.de San Vicente) y el Carmen (Depto. De Cuscatlán) .Al Oeste por los municipios El Rosario y El Carmen ( Depto.De cuscatlan).