Existían en 1807 dos poblados dentro de los Ejidos Cojutepeque, a la razón cabecera del 15° partido de la Provincia de San Salvador del Reino de Guatemala. Eran dichos poblados: la aldea de Cedro y el Valle de Soledad. El primero a legua y media al nor—oeste y el otro, a dos leguas hacia el norte de dicha cabecera. Era cedros una aldea de ladinos que se fue formando al abrigo de un frondosos árbol de Cedro en el camino Real de Partidas cuyo patrimonio la constituía el cultivo de la Caña de azúcar: y Soledad, que era un valle de ladinos de corta población y vecindario de temperamento regular, cuyos pobladores cultivaban arroz, maíz y caña dulce en extremo.

La aldea de Cedro fue regida en pueblo en el año de 1838 con una población de 552 habitantes, habiendo absorbido en su Jurisdicción al Valle de Soledad que por su corta población y vecindario y pese a su abundante producción, no alcanzó la categoría de pueblo. En 1841 existían en el valle de Soledad dos familias de ladinos. Dichas familias eran: "De la O" y la de "Los Laínez", en la primera se contaba a Brigida de la O y sus hijos Lucía y Nemesia de la O, y en la segunda a los hermanos Angela y Alejandro Laínez, Usanza del Valle y por la corta población, las familias se mezclaban por medio del matrimonio o del simple ayuntamiento. Así las dos familias emparentaron por medio del matrimonio de Lucio de la O con Angela Laínez y por el de Alejandro Laínez con Nemesia de la O. de esta última unión y a partir de 1862, nacieron Hilaria y Ángel Laínez de la O.

En 1880 ya era vecino del Valle el matrimonio de Ildefonso Portillo y Apolonia Escobar, con sus hijos Francisca y Marcelina; estas últimas ahí formaron también sus hogares. Marcelina con Doroteo Huezo, Francisca que ya tenía a su hijo Silverio, con Ángel Laínez de la O. del matrimonio de Ángel Laínez de la O y Francisca Portillo Escobar, entre los años 1882 a 1894 nacieron sus hijos: Ángel, Víctor, Brígida con Juan Montoya.

Fundación del Pueblo.
Los primeros pobladores de la aldea de Cedro fueron Lencas, se caracterizó al comienzo por su abundancia de árboles de Cedro. Luego familias vecinas de Cojutepeque emigraron a este lugar para evadir el pago de impuestos y fueron estas quienes le llamaron por primera vez “Cedros” obtuvo el título de Pueblo en 1838 con una población de 552 habitantes. El título de villa lo obtuvo el 19 de Julio de 1879 y el de Ciudad el 27 de Julio de 1961 con el nombre Oficial de San Rafael Arcángel por Decreto Legislativo de esa misma fecha en honor del Presidente de la República de ese entonces Doctor Rafael Zaldívar, quien obsequió la imagen del patrono.
Por costumbre de sus habitantes se le conoce comúnmente con el nombre de San Rafael Cedros o simplemente "Cedros", mas sin embargo, en escritos oficiales deberá usarse: Ciudad de San Rafael Arcángel (Cedros).

¿Por que del nombre?
Antes de 1838 su nombre indígena era Nanzintepec que proviene de los vocablos Nahuat:
Natzin: Señora o Madre, Tepet: Cerro y c. Lugar: en el lugar.
En el cerro de la señora, o en el Cerro de la Madre.

La comunidad Primitiva de San Rafael Cedros.

En la parte occidental de la actual Ciudad a 100 metros del Parque Central se encuentra un pequeño valle que se le denominó La Quinta y que actualmente esta lotificado con el nombre de colonia La Mercedes. En éste, que se puede considerar como el pueblo viejo, se asentaron los primeros pobladores de origen lenca, considerados como una raza extranjera, del cual existen vestigios.

Con esta raza y la mezcla española o europea y negras, surgieron mestizos y mulatos. De modo que los grupos raciales que ahora pueblan san Rafael Cedros, son en orden decrecientes: Indígenas o criollos (Lencas) mestizos o ladinos (mezcla de indígenas y blanco, de extranjero). Y mulato o nacidos de indígenas con negros esclavos. En las excavaciones hechas para las nuevas construcciones se han descubierto una vasija blanca, una cucharita de cobre del tamaño de una azucarera, un fémur muy desarrollado, una columna vertebral y varios tiestos pequeños, algunos con color rojizo de un material llamado tahuite que hasta hace pocos años abundaba en la región, estos vestigios se encontraron en la propiedad del profesor Roberto Gómez, a una profundidad de 0.80 metros, se tiene conocimiento que hubo otros hallazos pero se desconoce su paradero, se presume que han sido vendidos a coleccionistas de antigüedades. Otros descubrimientos son: petro grabados en el lugar llamado Peña Herrada o pintada a 1 Km. al Este de la Ciudad, a la altura del Cantón Palacios, cercano al río Jiboa.

Esta peña es de granito y con el aire y el agua han hecho que los dibujos casi desaparezcan.

Los petro grabados ahí incisos son testimonio de los primeros asentamientos poblacionales en la región, a 1 Km. al Norte de la Estación, en el caserío el Magueyal del Cantón Jiboa, se encuentra la cueva de la Siguanaba, labrada en granito. Pareciera una cueva labrada a mano, hecha por el hombre y con fines de habitación pues tiene respiraderos y nacimientos de agua. En la actualidad se encuentra en abandono y casi nadie la conoce. Atrae la curiosidad por la ubicación, la forma y el material en que esta labrada.

No se encontró vestigios de pintura rupestre o petro grabados, durante las indagaciones realizadas por miembros de la Casa de la Cultura (Sr. Silvestre Vásquez Q.D.D.G.). Su entrada apunta a la Peña Herrada, luego hacia el oriente del mismo puente, aproximadamente a unos 500 mts. De la línea férrea se encuentra la famosa cueva Hedionda que según la versión popular, se cree que se prolonga hasta el Rosario, Cuscatlán, aunque actualmente esta soterrada. De esta cueva se afirma que sirvió de morada a Abelardo o Abel “El Choreje” que también el conocieron como el “Zonto” quien tenia problemas mentales, pero que era inofensivo y vivió abandonado en esa cueva hasta su muerte hace alrededor de 37 años. se le llama la cueva Hedionda porque habitan en ella millares de murcié

lagos que depositan su excretas en la superficie lo que produce su fuerte mal olor.